Con la lotta per il titolo chiusa, vinto da Guevara che ha chiuso i giochi a Phillip Island, infuria però la corsa agli ultimi due gradini del podio. Tra i contendenti, Garcia, Sasaki e Foggia, tutti entrati direttamente nella Q2.
Al termine del passaggio dalla Q1, Tra i quattro piloti che passano il turno ben tre giapponesi, Yamanaka, Toba e Furusato, assieme a Kelso. Oncu scivola senza conseguenze, E' fuori dalla Q2, assieme agli italiani Surra e Bartolini.
Nella Q2, Dennis Foggia consolida il suo dominio dimostrato durante le libere, ottenendo la pole all'ultimo giro lanciato con 2.11.411. A completare la prima fila lo inseguono il neoeletto campione del mondo Moto3 Izan Guevara, e lo spagnolo Sergio Garcia. Masia a un passo dalla prima fila, partirà quarto, mentre Sasaki partirà settimo. Tra gli altri italiani, Andrea Migno è sesto, Riccardo Rossi è nono dalla terza fila, Stefano Nepa dodicesimo.
Di seguito la classifica al termine delle qualifiche della Moto3 sul circuito di Sepang: